Druga sezona

Druga sezona se takođe sastoji od 22 epizode. Radnja se odigrava 8 sati nakon bekstva iz zatvora "Foks River" fokusirajući se na Majkla, Linkolna i ostale. Specijalni agent FBI-a Aleksandar Mahoun dobija zadatak da pronađe i ulovi svih 8 begunaca.

Nakon propuštenog leta, begunci svaki sa svojem ciljem, ali sa istom odlukom, planiraju odlazak u Jutu da uzmu 5 miliona dolara, koje je Čarls Vestmorland sakrio.Čarls Vestmorland umire,a Džon Abruci odseca ruku Ti-Begu. Belik i Poup osećaju kako će uskoro snositi posledice zbog loših poteza u toku hvatanja begunaca.

Majkl, Sukre, T-Bag i Stotka uspevaju se dočepati novca, ali Sukre se ne želi pridržavati dogovora. Ti-Beg beži sa 5 miliona dolara.Nakon suspenzije,Belik regrutira novog partnera Roja Gerija u hvatanju begunaca. Ti-Beg je na putu kuće njegove bivše supruge gde se nalaze i Belik i Geri.Majkl se konačno sureće sa Sarom, ali njih dvoje neće dugo uživati jer im je Mahoun na tragu, a on će se, zajedno s Kelermanom, potruditi i da ostanu razdvojeni.Belik uspeva naterati T-Baga da mu otkrije tajnu, i to na brutalan način. Posle ubistva Gerija, Ti-Beg kupi novac. Belik je uhvaćen i izručen u zatvor "Foks River" zbog sumnje da je ubio Gerija i to ga nimalo ne veseli. Mahoun koji ima psihičke probleme, dobija nalog od Bil Kima, jednog iz "Kompanije". Nalog je da ubije svih osam begunaca.

Majkl uspeva da nabavi avion za Meksiko. Tada neočekivano sreće svog oca, koji je zajedno sa Linkolnom.Iako im je Mahoun opasno blizu, Majkl, Link, njihov otac i Sukre ipak planiraju ukrasti avion. Majkl i otac se konačno pomire, ali će Aldo to platiti svojim životom, zbog čega se Majkl i Link odluče direktno suočiti s progoniteljima. Jedan borbeni avion obora avion u kome je Sukre, on iskaće i stiže preko stranputnice kod devojke Marikruz. Kelerman bez imalo oklevanja muči Saru kako bi saznao što ga zanima.Šef Kelermana i Mahouna, Bil Kim prisiljuje ih da zajedno sarađuju.Stotka nalazi svoju ženu. Malo kasnije žena Stotke je uhvaćena,a Terens Stedmen postaje zarobljenik Majkla i Linka. Stedmen izvršava samoubistvo.Majkl i Lik na programu nacionalne televizije javno iznose svoju priču, a Majkl Sari šalje šifriranu poruku.

Mahoun izbavlja Belika iz zatvora kako bi zajedno sarađivali. Sara nema poverenja u Kelermana i ona je zabrinuta, zato što su Majkl i Linkoln zajedno sa njim. Kreću u Čikago, gde ih ćeka jedan USB ključ na kome je razgovor između Terensa Stedmena i njegove sestre, koji će dokazati nevinost Linkolna. Majkl i Sara za pomoć se obraćaju Poupu, kako bi im otkrio informacije koje bi mogle naštetiti Kompaniji. Stotka nudi Mahounu pogodbu: za puštanje njegove supruge na slobodu i lečenje njegove ćerke, reći će mu mesto gde se Skofild krije. Mahoun tera Stotku da se ubije, ali čuvari zatvora to sprečavaju.

Majkl, Linkoln i Sara dolaze u vlastništvo USB-a.Oni se odvajaju od Pola Kelermana. Mahoun dobija nalog, da Skofilda i Linkolna ubije u roku od dva dana. Kod prijema bivše potpredsednice SAD-a Kerolin Rejnoldsa, Majkl je uhvaćen od strane Bil Kima,mučen je i saslušan. Predsednica Rejnolds prihvata zahteve kako bi Lnkoln bio oslobodjen.

Kerolin Rejnolds neočekivano daje ostavku na funkciji predsednice SAD-a i Majkl i Linkoln stoje sa praznim rukama. Njihov jedini izlaz vide u Panami.